在条块分割、多头管理的传统模式影响下，我国各种物流基础设施的规划和建设缺乏必要的协调，因而物流基础设施的配套性、兼容性差，导致系统功能不强。各种运输方式之间、不同地区运输系统之间相互衔接的枢纽设施建设方面缺乏投入，对物流产业发展有重要影响的各种综合性货运枢纽、物流基地、物流中心建设发展缓慢。
我国物流系统一般技术水平低，装备落后。在仓储设施方面，第三方物流企业拥有的仓库70%是普通平房仓库，现代化立体自动化仓储设施比例极低，具有冷藏、保鲜、气调功能的仓库更少。在使用的搬运工具中，人工搬运车，手推叉车和普通起重设备占到70%以上，而可视屏叉车等现代化的搬运工具却很少采用。在运输工具方面，第三方物流企业拥有的运输车辆中，普通车辆占70%以上，而现代化的箱式货柜和集装箱拖头及特种运输车辆却很少。物流企业开发和使用的物流信息软件，性能水平不高，即使有些软件比较适用，但有时又与客户系统不兼容。